上海市生物医药科技产业促进中心下设七个部门，分别为：综合办公室、发展研究部、产业推进部、项目管理部、平台服务部、企业孵化部、财务部。

各部门主要职能：

1、综合办公室：主要负责行政、人事、党务以及工会等群团工作。

2、发展研究部：主要从事生物医药产业发展战略、规划、计划、关键技术研发布局、产业政策等研究，开展上海生物医药信息网和相关数据库建设；负责生物医药领域国内外交流合作、人才引进服务、培训管理和国际技术转移、工作。

3、产业推进部：主要受上海市生物医药产业办公室委托，与行业协会联动，组织推进生物医药领域战略性新兴产业培育、共性技术开发、产学研医联盟、成果转化与技术转移桥接、孵化；科技金融产品创新和生物医药园区、基地、企业产业化服务；并积极开展创新创业企业、创投机构联动与综合服务等工作。

4、项目管理部：主要从事市科委委托的生物医药与农业领域科技项目过程管理。立项前技术预见，立项后动态跟踪管理、咨询服务、检查监督和成果评估等工作。协调促进祖国传统医学理论与现代生物医药技术的结合应用，推动中医药现代化与国际化。

5、平台服务部：主要承担生物医药领域创新平台的内涵建设、管理模式、运行机制等指导与服务工作，履行对市科委委托投资的生物医药平台资产的监管职能。

6、企业孵化部：主要负责招募生物医药创新小企业入驻孵化园，为企业提供专业服务及后勤保障。同时兼管中心固定资产的购置、管理及物业、安保、后勤等保障工作。

7、财务部：负责中心的预算、决算、审计、报销、会计核算、对外投资的财务监管等日常管理工作， 制定中心财务制度。